Activity Axis 4: Molecular Diagnosis Print E-mail

Συντονιστής : Α. Αθανασιάδου
Συμμετέχοντα μέλη του δικτύου: Γεωργόπουλος Ν., Γουρζής Φ., Δεκαβάλας Γ., Ζαρκάδης Ι., Ζούμπος Ν., Μανταγός Σ., Παπαχατζοπούλου Α., Πατρινός Γ., Σπάθας Δ., Σπηλιοπούλου Ι., Στεφάνου Ε., Χριστόπουλος Θ., Χριστοφίδου Μ., Κ. Σταθόπουλος

Εισαγωγή
Η ανάπτυξη της Γενετικής και Γονιδιωματικής τεχνολογίας τα τελευταία χρόνια και η χρήση τους σε ένα όλο και ευρύτερο φάσμα εφαρμογών ιατρικής πράξης, παρουσιάζει μοναδικές ευκαιρίες παρέμβασης στο κοινωνικό γίγνεσθαι προς όφελος των ανθρώπων, πασχόντων και μη, και συμβάλλει τα μέγιστα στην διεύρυνση των δυνατοτήτων της ιατρικής έρευνας. Σήμερα καλλίτερα από ποτέ πριν, είναι εφικτή η Μοριακή Διάγνωση ασθενειών, δηλαδή ο εντοπισμός του γονιδίου (ή άλλου γενετικού παράγοντα) που υπεισέρχεται σε μια ασθένεια, ο προσδιορισμός μεταλλάξεων που ευθύνονται για την παρουσία ασθένειας και η διαλεύκανση των επιπτώσεων που έχει μια μετάλλαξη στην δομή, τη λειτουργία ή το επίπεδο αφθονίας της αντίστοιχης πρωτεΐνης στον οργανισμό. Στο πλαίσιο αυτό, θεωρούμε ότι μια σύγχρονη Ιατρική Σχολή επιβάλλεται να επιδιώκει την ενσωμάτωση της μοριακής διάγνωσης ασθενειών στο διαγνωστικό της οπλοστάσιο και μάλιστα με όρους που καθορίζονται από τεχνολογία υψηλής πιστότητας, έντονα αναπτυσσόμενη και με ισχυρή προβολή στο μέλλον, για λόγους αναπτυξιακούς, ερευνητικούς, εκπαιδευτικούς και πρωτίστως, κοινωνικούς.
Η Μοριακή Διάγνωση αφορά την διάγνωση ασθενειών του ανθρώπου σε επίπεδο νουκλεϊκών οξέων (DNA/RNA). Μπορεί να είναι είτε μετα-γεννητική είτε προ-γεννητική. Εστιάζει στην ανίχνευση μεταλλάξεων που είναι υπεύθυνες για την ασθένεια αλλά και στην ανίχνευση πολυμορφισμών που συσχετίζονται με την ασθένεια. Διενεργείται κλασσικά, με την ανάλυση γονιδίου ή μικρού αριθμού γονιδίων και στις μέρες μας, με την ανάλυση του γονιδιώματος ή των αρχικών προϊόντων της γονιδιακής έκφρασης (δηλ. το mRNA) με τεχνολογίες υψηλής απόδοσης (high throughput). Επιπρόσθετα περιλαμβάνει την ανίχνευση και τυποποίηση παθογόνων του ανθρώπου, με μοριακή ανάλυση γονιδίων ή/και γονιδιωμάτων μικροβίων και ιών.
Η Μοριακή Διάγνωση προϋποθέτει αφενός καλή γνώση της δομής και της ρύθμισης της έκφρασης του προς ανάλυση γονιδιακού ή γονιδιωματικού συστήματος και αφετέρου την διαθεσιμότητα και εφαρμοσιμότητα της σωστής τεχνολογίας για κάθε περίπτωση. Επομένως, η έρευνα σε αυτά τα πεδία είναι αναπόσπαστο συστατικό της δημιουργίας συνθηκών Μοριακής Διάγνωσης.
Υπάρχουσα κατάσταση ερευνητικών συνεργασιών
Στον εν λόγω άξονα του Δικτύου «ΥΓΕΙΑ», αποτυπώνεται η υπάρχουσα κατάσταση ερευνητικών συνεργασιών οι οποίες εξ αντικειμένου συνιστούν ένα ήδη υπάρχον δίκτυο έρευνας και εφαρμογών Οι συνεργασίες αυτές περιλαμβάνουν:
1. Μοριακή Γενετική Ανάλυση ασθενειών
Ανίχνευση μεταλλάξεων που ευθύνονται για ασθένειες και πολυμορφισμών του DNA, που συσχετίζονται με τις ασθένειες: 1) αιμοσφαιρινοπάθειες, 2) οικογενής νόσος Parkinson, 3) σύνδρομο Hyper-IgE, 4) σύνδρομο Wolfram, 5) γονίδιο KAL1, 6) υποδοχέας GnRH, 7) alpha2B-αδρενεργικός υποδοχέας. 
Συνεργαζόμενοι φορείς: Εργ. Γεν. Βιολογίας, οι Κλινικές: Αιματολογική,
Νευρολογική, Παιδιατρική, Ψυχιατρική, Ουρολογική, Καρδιολογική, Οφθαλμολογική, Αναισθησιολογίας, το Ενδοκρινολογικό Εργαστήριο και το Εργ. Φαρμακο-γονιδιωματικής του Τμήματος Φαρμακευτικής.
Εχουν δημοσιευθεί μέχρι τώρα, 25 ερευνητικές εργασίες με ερευνητές από τουλάχιστον δύο φορείς, ενώ υπάρχουν 6 πρωτόκολλα τρέχουσας συνεργασίας.
2. Μη-επεμβατική, προγεννητική, μοριακή διάγνωση.
Αφορά στην ανίχνευση και ανάλυση DNA του εμβρύου που κυκλοφορεί στο αίμα της εγκύου γυναίκας (μητρικό πλάσμα), για τον εντοπισμό αλλαγών που ευθύνονται για παθολογικές καταστάσεις.
Μη-επεμβατική προγεννητική διάγνωση β-θαλασσαιμίας με φασματομετρία μάζας, ανάπτυξη στρατηγικής με PCR και χρήση γενετικών δεικτών (SΤRs),
Συνεργαζόμενοι φορείς: Εργαστήριο Γενικής Βιολογίας, Αιματολογική Κλινική,
Μαιευτική Κλινική, Παιδιατρική Κλινική.
Πρωτόκολλα τρέχουσας συνεργασίας: 2
3. Φαρμακογενετική και Φαρμακογονιδιωματική ανάλυση ασθενειών
Περιλαμβάνει την ανίχνευση γενετικών αλλαγών σε γονίδια τα οποία σχετίζονται με διαφορική ανταπόκριση πασχόντων από μια ασθένεια ως προς μια φαρμακευτική αγωγή.
Συνεργαζόμενοι φορείς: Τμήμα Ιατρικής - Εργαστήριο Γενικής Βιολογίας και
Εργ. Φαρμακογονιδιωματικής Ανάλυσης, Τμήμα Φαρμακευτικής
Πρωτόκολλα τρέχουσας συνεργασίας :2
4. Ανίχνευση μικροβίων
Αφορά την ταυτοποίηση του DNA μικροβίων. Υπάρχει συνεργασία στη διαγνωστική βακτηριακών λοιμώξεων με μοριακές μεθόδους που περιλαμβάνουν:
(α) την άμεση ανίχνευση του παθογόνου στα κλινικά δείγματα ασθενών.
(β) την επιδημιολογική διερεύνηση βακτηριακών λοιμώξεων βασιζόμενη στην ανάλυση της αλληλουχίας συντηρημένων γονιδίων και στη ταυτοποίηση σημειακών μεταλλάξεων με καθορισμό των αλληλομόρφων.
Συνεργαζόμενοι φορείς: Εργ. Γενικής Βιολογίας, και Εργ. Μικροβιολογίας
Αρ. Δημοσιεύσεων με συνεργασία των δύο φορέων: 4
Πρωτόκολλα τρέχουσας συνεργασίας: 2
5. Μονάδα Παροχής ΥπηρεσιώνΜοριακής Γενετικής
H Μονάδα Μοριακής Γενετικής (ΜΜΓ) δημιουργήθηκε το 2006 με απόφαση του τέως Διοικητή του ΠΓΝΠ κ. Ι. Δημάρατου σε υλοποίηση του Εσωτερικού Κανονισμού του Εργ. Γενικής Βιολογίας, είναι δε χωροταξικά, λειτουργικά και διοικητικά, μέρος του Εργαστηρίου Γενικής Βιολογίας του Τμήματος Ιατρικής. Αναγνωρίστηκε από την Γ. Συνέλευση του Τμήματος Ιατρικής στις 10/11/2008 ως Μονάδα παροχής υπηρεσιών στον τομέα της Μοριακής Γενετικής. Η ΜΜΓ διαθέτει δικό της εργαστηριακό χώρο στο Εργαστήριο Γενικής Βιολογίας, ξεχωριστό από τους ερευνητικούς του χώρους και έχει πρόσβαση σε όλο τον εξοπλισμό και τις υπηρεσίες του Εργαστηρίου.
Αντικείμενο της ΜΜΓ: Οι εργασίες της ΜΜΓ στην παρούσα φάση και σε συνεργασία με την Αιματολογική Κλινική (Διευθυντής, καθηγητής κ. Ν. Ζούμπος) εστιάζονται στην γονοτύπηση ασθενών β-Θαλασσαιμίας. Η ΜΜΓ παράλληλα έχει προβεί σε επεξεργασία των διαδικασιών για την επέκταση της γονοτύπησης σε άλλες αιμοσφαιρινοπάθειες, καθώς και -κυρίως- την προγεννητική διάγνωση της β-θαλασσαιμίας κατά προτεραιότητα, αλλά και άλλων αιμοσφαιρινοπαθειών, σε συνεργασία και με την Μαιευτική Κλινική (Διευθυντής Αναπληρωτής Καθηγητής κ. Γ. Δεκαβάλας). Αμεσος στόχος της ΜΜΓ είναι η εγκατάσταση και συνεχής υποστήριξη της μεταγεννητικής και προγεννητικής διάγνωσης της β-θαλασσαιμίας και γενικότερα των αιμοσφαιρινοπαθειών στο ΠΠΝΠ, στο επίπεδο της ανίχνευσης μεταλλάξεων και της συνακόλουθης μοριακής διάγνωσης. Επίσης επιδιώκεται η εξασφάλιση της αποτελεσματικότερης μεθοδολογίας και η συμμετοχή σε προγράμματα χρηματοδότησης.

Ερευνητικές συνεργασίες και αναπτυξιακές προοπτικές
Η αναπτυξιακή προοπτική του Δικτύου “MGN_UPatras” στην Μοριακή Διάγνωση είναι συνάρτηση α) της δυνατότητας των συμμετεχόντων να χρησιμοποιήσουν τεχνολογία αιχμής, β) της διαθεσιμότητας σύγχρονων μέσων και εξοπλισμού και γ) της χρηματοδότησης της έρευνας. Οι συμμετέχοντες και οι συνεργάτες τους διαθέτουν ευρεία τεχνογνωσία, που πηγάζει από την συνολική τους ερευνητική δραστηριότητα, και καλύπτει την ανάλυση μεγάλου φάσματος γονιδίων, ασθενειών και τεχνογνωσίας. Επί πλέον, στην συντριπτική πλειονότητα τους οι συμμετέχοντες έχουν κατακτήσει ικανοποιητικά επίπεδα χρηματοδότησης, μέσω ανταγωνιστικών προγραμμάτων έρευνας. Το δυναμικό ανάπτυξης του Δικτύου «ΥΓΕΙΑ» στην Μοριακή Διάγνωση αποτυπώνεται σαφώς στην ύπαρξη Πρωτοκόλλων Τρέχουσας Συνεργασίας σε όλους τους αναφερόμενους τομείς. Επιπλέον σχεδιάζονται:
1. Ανάπτυξη αναλυτικών τεχνικών
Ιδιαίτερη ώθηση σε νέες τεχνολογίες αναμένεται να προσδώσει η συνεργασία με τον Θ. Χριστόπουλο (Τμήμα Χημείας), στο εργαστήριο του οποίου αναπτύσσονται ιδιαίτερα εξελιγμένες τεχνικές που θα δοκιμαστούν στα πλαίσια των στόχων για μοριακή διάγνωση. Ενδεικτικά αναφέρονται:
α) Ανάπτυξη υπερευαίσθητων και αυτοματοποιήσιμων μεθόδων ανάλυσης DNA, RNA και πρωτεϊνών. Οι μέθοδοι βασίζονται στην βιο(χημειο)φωταύγεια και στο χρονικά διαχωριζόμενο φθορισμό, με εφαρμογές στην γονοτυπική ανάλυση μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών (SNP) και την ανίχνευση υπολειπόμενης νόσου ή υποτροπής της νόσου σε καρκινοπαθείς.
β) Ανάπτυξη και εφαρμογές νέας τεχνολογίας για πολλαπλή ποσοτική PCR και RT-PCR με εφαρμογές στην ποσοτικοποίηση υπολειπόμενης νόσου / μελέτες μικρομετάστασης.
2.Ανάλυση μιτοχονδρικού DNA
H συμμετοχή του Κ. Σταθόπουλου (νεοεκλεγέν μέλος του Εργ. Βιολογικής Χημείας) θα εμπλουτίσει το φάσμα προσδιορισμού μεταλλάξεων με την ανάλυση μιτοχονδριακού DNA. Η ερευνητική αυτή προσπάθεια στοχεύει στην ανίχνευση και το λειτουργικό χαρακτηρισμό εξελικτικά παλαιών και πιθανά νέων μεταλλάξεων σε μιτοχονδριακά γονίδια που κωδικοποιούν μόρια tRNA με σκοπό τη συσχέτιση γoνότυπου-λειτουργίας-φαινότυπου σε πολυσυμπτωματικές ασθένειες αγνώστου αιτιολογίας. Η συμμετοχή μεταλλάξεων που σχετίζονται με παθογένεια, θα αποτελέσει πιθανόν μια νέα ομάδα μοριακών δεικτών για ακριβή διάγνωση και μελλοντική θεραπευτική αγωγή (σύνδεση με Αξονα 3-Αναγεννητική Ιατρική).

 


Powered by Joomla! Σχεδίαση - Ανδρέας Παπαδόπουλος